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body_diff: "[{\"diffs\":[[1,\"<html>\\\r\\\n<head>\\\r\\\n  <title>NotebookLM重磅更新来了</title>\\\r\\\n  <basefont face=\\\"微软雅黑\\\" size=\\\"2\\\" />\\\r\\\n  <meta http-equiv=\\\"Content-Type\\\" content=\\\"text/html;charset=utf-8\\\" />\\\r\\\n  <meta name=\\\"exporter-version\\\" content=\\\"YXBJ Windows/608924 (zh-CN, DDL); Windows/10.0.0 (Win64); EDAMVersion=V2;\\\"/>\\\r\\\n  <meta name=\\\"content-class\\\" content=\\\"yinxiang.peso.superNote\\\"/>\\\r\\\n  <meta name=\\\"application-data:yinxiang.noteLayout\\\" content=\\\"{\\\"lineSpace\\\":\\\"recommend\\\",\\\"paragraphSpace\\\":\\\"recommend\\\"}\\\"/>\\\r\\\n  <style>\\\r\\\n\\tbody, td {\\\r\\\n\\t  font-family: 微软雅黑;\\\r\\\n\\t  font-size: 12pt;\\\r\\\n\\t}\\\r\\\n  </style>\\\r\\\n</head>\\\r\\\n<body>\\\r\\\n<a name=\\\"45981\\\"></a>\\\r\\\n<h1>NotebookLM重磅更新来了</h1>\\\r\\\n\\\r\\\n<div><span style=\\\"\\\"><div style=\\\"max-width: 700px;\\\"><p></p><div style=\\\"--en-blockquote: true; box-sizing: border-box; border-left: 3px solid #b4c0cc; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;\\\"><div>原文链接: <a href=\\\"https://mp.weixin.qq.com/s/OfuPhJfIO6FiAWBTZV6SYA\\\"><span>https://mp.weixin.qq.com/s/OfuPhJfIO6FiAWBTZV6SYA</span></a></div></div><p></p><div style=\\\"\\\"><div><div><div><span style=\\\"\\\">原创</span><span> BeFermi </span><span><a style=\\\"\\\"> 药化猩球 </a></span><span><em></em></span></div><div style=\\\"\\\"><p style=\\\"\\\"><span>各位AIDD云组会的伙伴们，必须马上分享一个超级实用的更新！🔥</span></p><p style=\\\"\\\"><span>小闪电云组会精彩历史视频B站入口</span><span><br/></span></p><p style=\\\"\\\"><span>https://space.bilibili.com/122699831?spm_id_from=333.788.upinfo.detail.click</span></p><p style=\\\"\\\"><span>刚发现 </span><strong><span>NotebookLM</span></strong><span> 推出了自定义报告生成功能，对我们做药物设计和AI研究的简直是神器级更新！</span></p><p style=\\\"\\\"><strong><span>🚀 5大核心升级功能：</span></strong></p><p style=\\\"\\\"><strong><span>1️⃣ 智能报告模板</span></strong></p><ul style=\\\"\\\"><li><span style=\\\"\\\"><span>上传Nature、Science论文 → 自动推荐文献综述格式</span></span></li><li><span style=\\\"\\\"><span>上传实验数据 → 推荐研究报告模板</span></span></li><li><span style=\\\"\\\"><span>告别手动整理文献的痛苦！</span></span></li></ul><p style=\\\"\\\"><strong><span>2️⃣ 自定义分析维度</span></strong></p><ul style=\\\"\\\"><li><span style=\\\"\\\"><span>可以专门设置&quot;药物靶点分析&quot;、&quot;分子设计策略&quot;等AIDD专用模板</span></span></li><li><span style=\\\"\\\"><span>完全按照我们的研究需求定制</span></span></li></ul><p style=\\\"\\\"><strong><span>3️⃣ 多语言无缝切换</span></strong></p><ul style=\\\"\\\"><li><span style=\\\"\\\"><span>英文文献输入 → 中文报告输出</span></span></li><li><span style=\\\"\\\"><span>80+语言支持，国际合作无障碍</span></span></li></ul><p style=\\\"\\\"><strong><span>4️⃣ 学术转科普模式</span></strong></p><ul style=\\\"\\\"><li><span style=\\\"\\\"><span>复杂的药化机制 → 一键生成易懂博客</span></span></li><li><span style=\\\"\\\"><span>组会汇报材料秒变科普文章</span></span><span style=\\\"\\\"><span>上传pdf，点击report，自动生成报告可以使用提示词进一步对话学习。</span></span></li><li><span style=\\\"\\\"><span>实例：</span></span><span style=\\\"\\\"><img src=\\\":/d285c034646f4057b2b8a812d0136032\\\" type=\\\"image/png\\\" data-filename=\\\"640.png\\\" style=\\\"--en-marks: %7B%22align%22%3A%22center%22%7D; width: auto;\\\" width=\\\"auto\\\"/></span><p style=\\\"\\\"><span>ACS JMC最新论文阅读:</span></p><span style=\\\"text-align: center;\\\"><img src=\\\":/79114348cf3242218c98e84333d1b5e9\\\" type=\\\"image/jpeg\\\" data-filename=\\\"640.jpg\\\" style=\\\"--en-marks: %7B%22align%22%3A%22center%22%7D; width: auto;\\\" width=\\\"auto\\\"/></span><p style=\\\"\\\"><span>https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jmedchem.5c01641?ref=article_openPDF</span></p><p style=\\\"\\\"><span>这篇综述</span><strong><span>讨论了在药物设计中苯环生物等排体的评估方法</span></strong><span>，强调了</span><strong><span>数据驱动的重要性</span></strong><span>。文章</span><strong><span>介绍了一个名为BioSTAR的开源数据挖掘流程</span></strong><span>，该流程</span><strong><span>旨在通过分析生物活性、溶解度和代谢稳定性等关键属性来定量比较这些生物等排体</span></strong><span>。研究</span><strong><span>利用ChEMBL数据库，以苯环生物等排体为案例，评估了不同取代基对分子性质的影响</span></strong><span>，并</span><strong><span>指出了当前研究中数据有限的领域</span></strong><span>。最终，该研究</span><strong><span>旨在为药物化学家提供更明智的决策支持，并激发未来生物等排体设计领域的创新</span></strong><span>。</span></p></li><li><p style=\\\"\\\"><span>这是根据您提供的文件创建的详细简报文档：</span></p></li></ul><p style=\\\"cursor: text; box-sizing: border-box; margin-inline: 0; margin-block: 0 0.75em; counter-reset: list-1 0 list-2 0 list-3 0 list-4 0 list-5 0 list-6 0 list-7 0 list-8 0 list-9 0; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; color: rgb(19,19,20); orphans: 2; text-align: start; text-indent: 0; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0; -webkit-text-stroke-width: 0; white-space: pre-wrap; background-color: rgb(255,255,255); text-decoration-thickness: initial; text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>简报文档：数据驱动的苯生物等排体评估</span></strong></p><p style=\\\"cursor: text; box-sizing: border-box; margin-inline: 0; margin-block: 0 0.75em; counter-reset: list-1 0 list-2 0 list-3 0 list-4 0 list-5 0 list-6 0 list-7 0 list-8 0 list-9 0; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; 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A., &amp; Russell, A. J. (2025). A Data-Driven Perspective on Bioisostere Evaluation: Mapping the Benzene Bioisostere Landscape with BioSTAR. </span><em style=\\\"box-sizing: border-box;\\\"><span>Journal of Medicinal Chemistry, 68</span></em><span>(16), 16921–16939.</span></p><p style=\\\"cursor: text; box-sizing: border-box; margin-inline: 0; margin-block: 0 0.75em; counter-reset: list-1 0 list-2 0 list-3 0 list-4 0 list-5 0 list-6 0 list-7 0 list-8 0 list-9 0; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; color: rgb(19,19,20); orphans: 2; text-align: start; text-indent: 0; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0; -webkit-text-stroke-width: 0; white-space: pre-wrap; background-color: rgb(255,255,255); text-decoration-thickness: initial; text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>摘要：</span></strong><span> 本简报文档综述了Pol Hernández-Lladó及其同事在《药物化学杂志》2025年发表的题为“数据驱动的生物等排体评估：使用BioSTAR绘制苯生物等排体图景”的透视文章。该文章提出了一种数据驱动的方法来系统地评估和比较不断扩展的生物等排体，特别是苯的生物等排体。作者开发了一个名为BioSTAR的开源数据挖掘工作流程，用于定量分析生物等排体替代对生物活性、溶解度和代谢稳定性等关键药物性质的影响。该研究强调了药物设计中苯生物等排体选择的背景依赖性，并通过实际案例说明了其效用，同时指出了需要进一步研究的领域。</span></p><p style=\\\"cursor: text; box-sizing: border-box; margin-inline: 0; margin-block: 0 0.75em; counter-reset: list-1 0 list-2 0 list-3 0 list-4 0 list-5 0 list-6 0 list-7 0 list-8 0 list-9 0; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; color: rgb(19,19,20); orphans: 2; text-align: start; text-indent: 0; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0; -webkit-text-stroke-width: 0; white-space: pre-wrap; background-color: rgb(255,255,255); text-decoration-thickness: initial; text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>主要主题和重要观点/事实：</span></strong></p><p style=\\\"cursor: text; box-sizing: border-box; margin-inline: 0; margin-block: 0 0.75em; counter-reset: list-1 0 list-2 0 list-3 0 list-4 0 list-5 0 list-6 0 list-7 0 list-8 0 list-9 0; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; 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list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>挑战：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 药物设计中生物等排体的数量不断增加，使得药物化学家难以系统地比较和优先选择这些骨架。传统上，这一过程依赖于个人经验和轶事证据，导致效率低下。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>新兴趋势：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 近二十年来，特别是受Lovering等人“Escape from Flatland”论文的影响，药物化学界一直在寻求增加先导化合物的三维性（Fsp3），因为它与更好的开发性状和ADME性质相关。增加的芳香环数量与较低的溶解度、较高的血清白蛋白结合和较高的clogP相关，导致较差的开发性状。因此，使用芳烃生物等排体将富含sp2的芳香环替换为富含sp3的替代基序已成为一种常见策略。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>解决方案：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 本文主张采用数据驱动的方法来分析生物等排体图景，并提供了一个数据挖掘工作流程（BioSTAR）来评估生物等排体替代。</span></span></li></ul><p style=\\\"cursor: text; box-sizing: border-box; margin-inline: 0; margin-block: 0 0.75em; counter-reset: list-1 0 list-2 0 list-3 0 list-4 0 list-5 0 list-6 0 list-7 0 list-8 0 list-9 0; 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list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>数据挖掘方法：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 潜在的生物等排体替代可以通过数据挖掘方法进行评估，这些方法识别文献中的**匹配分子对（MMPs）**并分析替代对生物活性、溶解度或代谢稳定性等性质的影响。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>现有数据库/工具：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span>EMIL（20世纪90年代初，Fujita等手动整理）：收集了MMPs的例子，总结了分子骨架对活性、毒性、代谢稳定性等参数的影响。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><span style=\\\"\\\"><span>BIOSTER（同期，Ujváry）：包含超过28,000个手动整理的生物等排体转化，不包括专利。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><span style=\\\"\\\"><span><br/></span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><span style=\\\"\\\"><span>SwissBioisostere（Sheridan和Miller的MCS算法，Hussain和Rea的F+I算法）：一个免费的基于网络的资源，允许用户搜索特定骨架的生物等排体替代，并提供其对活性、LogP、tPSA和分子量的影响摘要。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><span style=\\\"\\\"><span>Ring Replacement Recommender（Ertl等）：一个基于网络的工具，推荐245个最常用环系统的替代环系统，优先考虑那些与效力至少增加2倍相关的环系统。</span></span></li></ul><p style=\\\"cursor: text; box-sizing: border-box; margin-inline: 0; margin-block: 0 0.75em; counter-reset: list-1 0 list-2 0 list-3 0 list-4 0 list-5 0 list-6 0 list-7 0 list-8 0 list-9 0; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; color: rgb(19,19,20); orphans: 2; text-align: start; text-indent: 0; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0; -webkit-text-stroke-width: 0; white-space: pre-wrap; background-color: rgb(255,255,255); text-decoration-thickness: initial; text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>3. BioSTAR工作流程：一个开源的数据挖掘工具：</span></strong></p><ul style=\\\"cursor: text; box-sizing: border-box; counter-reset: list-1 0 list-2 0 list-3 0 list-4 0 list-5 0 list-6 0 list-7 0 list-8 0 list-9 0; color: rgb(19,19,20); font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-align: start; text-indent: 0; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0; -webkit-text-stroke-width: 0; white-space: pre-wrap; background-color: rgb(255,255,255); text-decoration-thickness: initial; text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial;\\\"><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>目的：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> BioSTAR（Bioisostere Analysis and Ranking）是一个开源数据挖掘工作流程，用于定量评估和比较苯生物等排体对生物活性、溶解度、代谢稳定性（清除率）和膜渗透性的整体影响。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>特点：开源且用户友好：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 使用免费的开源软件（KNIME用于数据处理，DataWarrior用于可视化），可在单台台式计算机上运行，无需计算经验。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>数据源：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 使用ChEMBL数据库（版本35，2024年12月发布），但也适用于其他数据库。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>数据处理：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 识别MMPs，仅包含同源对（来自同一出版物中相同检测方法的数据点），以减少变异性并提高统计显著性。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>效率：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> “评估对位取代苯环替换为二取代BCP所需的数据挖掘在16分57秒内完成。”</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>工作流程步骤（总结）：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 结构准备、感兴趣骨架的子结构搜索、文档提取、结构和数据挖掘、使用F+I算法进行片段化、同源对过滤、性质差异计算、基于转化的子结构搜索。</span></span></li></ul><p style=\\\"cursor: text; box-sizing: border-box; margin-inline: 0; margin-block: 0 0.75em; counter-reset: list-1 0 list-2 0 list-3 0 list-4 0 list-5 0 list-6 0 list-7 0 list-8 0 list-9 0; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; color: rgb(19,19,20); orphans: 2; text-align: start; text-indent: 0; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0; -webkit-text-stroke-width: 0; white-space: pre-wrap; background-color: rgb(255,255,255); text-decoration-thickness: initial; text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>4. 苯生物等排体的定量评估：</span></strong></p><ul style=\\\"cursor: text; box-sizing: border-box; counter-reset: list-1 0 list-2 0 list-3 0 list-4 0 list-5 0 list-6 0 list-7 0 list-8 0 list-9 0; 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list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>生物活性影响：</span></strong></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>背景依赖性：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 生物等排体替代对生物活性的影响通常是背景依赖的，即其效果因靶点家族而异。Welch单向方差分析（ANOVA）用于评估靶点家族是否影响观察到的Δ(-log(bioactivity))。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>单取代苯：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 环戊烷、BCP、环丙烷和环己烷对生物活性的影响最小。1-环己烯被认为是一种更普遍的替代。BCO和立方烷显示出对生物活性的显著正向影响，可能归因于熵驱动效应。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>对位取代苯：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 1,4-取代环己烯、1,3-取代环丁烷、1,3-取代环戊烷和1,4-取代环己烷对生物活性的影响最小。其中，1,4-取代环己烯和1,3-取代环戊烷的背景效应不显著，更具普遍性。</span><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>1,3-取代BCP</span></strong><span>是一种更普遍的对位取代苯的生物等排体。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>间位和邻位取代苯：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 1,2-和1,3-二取代单环烷烃是最常报道的替代品。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>间位取代苯：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 1,3-取代环己烷和1,3-取代环丁烷对生物活性影响最小，前者不受背景影响。1,3-取代环戊烷也显示出无显著影响。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>邻位取代苯：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 1,2-取代环己烷和1,2-取代环己烯对生物活性影响最小，但其效果高度背景依赖。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>立体化学影响：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在对位取代苯环替换为1,4-取代环己烷的情况下，</span><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>反式-1,4-取代环己烷是比顺式异构体更好的生物等排体</span></strong><span>，这可能与其与对位取代苯出口向量的几何相似性更接近有关。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>亲脂性影响：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 总体而言，Δlog(bioactivity)与ΔclogP之间没有整体相关性，但在单取代苯的替代中观察到微弱但统计学显著的相关性，表明亲脂性有一定贡献。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>溶解度影响：</span></strong></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>单取代苯：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 替换为环丙基、N-甲基哌嗪和4-四氢吡喃（4-THP）环显著增加了溶解度，可能由于疏水性降低和/或晶体堆积被破坏。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>对位取代苯：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 使用1,4-取代环己烷和</span><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>BCP</span></strong><span>作为对位取代苯的生物等排体，导致溶解度显著增加。“BCP的引入产生了数据集中最大的效果，导致平均溶解度增加了超过一个数量级。”</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>间位/邻位取代苯：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 替换间位取代苯为1,3-取代环戊烷以及邻位取代苯为1,2-取代环己烷，均观察到显著的溶解度增强。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>代谢稳定性（清除率）影响：</span></strong></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>单取代苯：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 仅4-THP杂环的替换导致清除率显著降低。环己基替代苯基对代谢稳定性有轻微但有害的影响。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>对位取代苯：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 所评估的对位取代苯生物等排体对代谢稳定性没有显著影响，但数据有限。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>间位取代苯：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 替换间位取代苯为1,3-二取代环己烷导致清除率降低，有助于提高化合物的代谢稳定性。</span></span></li></ul><p style=\\\"cursor: text; box-sizing: border-box; margin-inline: 0; margin-block: 0 0.75em; counter-reset: list-1 0 list-2 0 list-3 0 list-4 0 list-5 0 list-6 0 list-7 0 list-8 0 list-9 0; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; color: rgb(19,19,20); orphans: 2; text-align: start; text-indent: 0; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0; -webkit-text-stroke-width: 0; white-space: pre-wrap; background-color: rgb(255,255,255); text-decoration-thickness: initial; text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>5. 苯生物等排体在药物设计中的应用案例：</span></strong></p><ul style=\\\"cursor: text; box-sizing: border-box; counter-reset: list-1 0 list-2 0 list-3 0 list-4 0 list-5 0 list-6 0 list-7 0 list-8 0 list-9 0; color: rgb(19,19,20); font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-align: start; text-indent: 0; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0; -webkit-text-stroke-width: 0; white-space: pre-wrap; background-color: rgb(255,255,255); text-decoration-thickness: initial; text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial;\\\"><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>末端苯环的替代：环己烷：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在SARS-CoV-2 Mpro抑制剂的开发中，苯基替换为环己基导致效力相似，但在激酶抑制剂中则有显著的负面影响，显示出背景依赖性。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>环丙烷：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在非洲人类锥虫病治疗中，苯基替换为环丙基导致pEC50略有降低，但溶解度显著改善，LogD降低。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>1-取代环己烯：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在MAT2A抑制剂AG-270的发现中，导致效力显著提高。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>BCP：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在NaV1.7抑制剂的开发中，BCP的引入增加了抑制效力，同时具有相似的膜渗透性和降低的清除率。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>金刚烷：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在BCL-XL和BCL-2抑制剂的开发中，金刚烷的引入通过增强疏水相互作用显著提高了效力。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>类碳硼烷：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在抗疟疾药物中，立方烷保留了活性，而一些闭合式类碳硼烷显著增强了活性，但对溶解度和代谢稳定性没有改善。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>4-THP：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在内脏利什曼病治疗中，苯基替换为4-THP导致抑制效力略有降低，但溶解度显著增加，小鼠肝微粒体清除率显著降低。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>对位取代苯环的替代：1,4-取代环己烷：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在Tankyrase (TNKS) 抑制剂的开发中，反式异构体优于顺式异构体，X射线共晶结构显示出良好的重叠。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>二取代BCP：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在IDO1抑制剂的开发中，BCP的引入略微降低了效力，但降低了ALogP并显著降低了清除率。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>[2.2.2]BCO：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在MDM2抑制剂的开发中，BCO-含有化合物维持了相似的MDM2亲和力和生长抑制，并显著降低了肝微粒体制剂中的清除率，最终导致了临床候选药物70的发现。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>1,4-取代环己烯：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在HIV-1成熟抑制剂的开发中，引入1,4-取代环己烯导致针对突变株的效力提高，最终产生了临床候选药物GSK3640254。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>1,4-哌嗪：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 通常会导致生物活性丧失，但通过吸电子取代基降低pKa可以使其有效应用。在非洲人类锥虫病治疗中，1,4-哌嗪的引入导致生物活性略有下降，但溶解度增加。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>间位取代苯环的替代：1,3-取代环己烷：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在SETD2抑制剂EZM0414的发现中，替换间位取代苯环导致了相似的生化效力、增强的抗增殖活性和改善的PK谱。顺式异构体（1R,3S）与间位取代苯环的出口向量更接近。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>反式-环丙烷：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在LTC4S抑制剂的开发中，保留了抑制活性，同时降低了LogD和肝清除率，最终产生了临床候选药物84。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>环戊烷和[2.2.1]BCH：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在IRAK4抑制剂的开发中，这三种骨架导致了生化活性相似的化合物。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>[2.1.1]BCH：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在共价BTK抑制剂的开发中，导致溶解度和膜渗透性增加，肝清除率降低，同时抑制效力略有降低，最终产生了临床候选药物evobrutinib (91)。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>邻位取代苯环的替代：1,2-取代环己烷和1,2-取代环己烯：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 导致生物活性变化最小，但具有背景依赖性。1,2-取代环己烷与溶解度增加相关。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>1,2-取代环己烯和二环[2.2.1]庚烷：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在缓激肽B1拮抗剂中，导致抑制效力显著降低。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>反式-环丙烷：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 在铜绿假单胞菌外酶S ADP-核糖基转移酶活性抑制剂中，反式异构体的生物活性比顺式异构体高一个数量级。</span></span></li></ul><p style=\\\"cursor: text; box-sizing: border-box; margin-inline: 0; margin-block: 0 0.75em; counter-reset: list-1 0 list-2 0 list-3 0 list-4 0 list-5 0 list-6 0 list-7 0 list-8 0 list-9 0; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; color: rgb(19,19,20); orphans: 2; text-align: start; text-indent: 0; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0; -webkit-text-stroke-width: 0; white-space: pre-wrap; background-color: rgb(255,255,255); text-decoration-thickness: initial; text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>6. 总结与展望：</span></strong></p><ul style=\\\"cursor: text; box-sizing: border-box; counter-reset: list-1 0 list-2 0 list-3 0 list-4 0 list-5 0 list-6 0 list-7 0 list-8 0 list-9 0; color: rgb(19,19,20); font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-align: start; 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list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>开放科学：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> BioSTAR工作流程是开源的，鼓励他人复制、扩展分析，并将其应用于其他开放获取或专有数据库。</span></span></li><li style=\\\"box-sizing: border-box; list-style-type: none;\\\"><strong style=\\\"font-weight: 600; box-sizing: border-box;\\\"><span>行业合作：</span></strong><span style=\\\"\\\"><span> 将这种方法扩展到包含制药公司广泛的生物活性和分子性质数据（如Kramer等人的ADMET知识共享项目），可以在不损害知识产权的前提下实现协同知识增长。</span></span></li></ul><p style=\\\"\\\"><strong><span><br/></span></strong></p><p style=\\\"\\\"><strong><span>5️⃣ 实战测试效果大家可以试试用457页的斯坦福AI报告测试：</span></strong></p><span style=\\\"text-align: center;\\\"><img src=\\\":/50a76409569f491897512a47dc54ce8f\\\" type=\\\"image/png\\\" data-filename=\\\"640.png\\\" style=\\\"--en-marks: %7B%22align%22%3A%22center%22%7D; width: auto;\\\" width=\\\"auto\\\"/></span><p style=\\\"\\\"><span><br/></span></p><p style=\\\"\\\"><span>报告pdf网址：</span><span><br/></span></p><p style=\\\"\\\"><span>https://hai.stanford.edu/assets/files/hai_ai_index_report_2025.pdf</span></p><ul style=\\\"\\\"><li><span style=\\\"\\\"><span>5分钟生成完整中文分析</span></span></li><li><span style=\\\"\\\"><span>自动提取关键技术点</span></span></li><li><span style=\\\"\\\"><span>语言壁垒完全消失！</span></span></li></ul><span style=\\\"\\\"><span>自动生成的mindmap如下</span></span><span style=\\\"text-align: center;\\\"><img src=\\\":/ba40efb8a87945ae902d8a3eab16eb66\\\" type=\\\"image/png\\\" data-filename=\\\"640.png\\\" style=\\\"--en-marks: %7B%22align%22%3A%22center%22%7D; width: auto;\\\" width=\\\"auto\\\"/></span><span style=\\\"\\\"><span><br/></span></span><p style=\\\"\\\"><strong><span>💊 对AIDD研究特别有用：</span></strong><span>✅ 快速消化JCIM、JCTC等期刊文献 ✅ 多篇论文整合成综述 ✅ 实验数据自动生成分析报告</span><span><br/></span><span>✅ 组会PPT素材快速整理 ✅ 国际合作文档标准化</span></p><p style=\\\"\\\"><strong><span>谁在用的赶紧试试新功能，文献处理效率直接翻倍！</span></strong><span> 📈</span></p><p style=\\\"\\\"><span>特别适合我们这种需要大量阅读英文文献，又要输出中文报告的场景！</span></p><p style=\\\"\\\"><span><a style=\\\"color: #576B95;\\\">#AIDD</a><a style=\\\"color: #576B95;\\\">#NotebookLM</a><a style=\\\"color: #576B95;\\\">#AI药物设计</a><a style=\\\"color: #576B95;\\\">#文献神器</a><a style=\\\"color: #576B95;\\\">#云组会</a></span></p><p style=\\\"\\\"><span>有用过的伙伴快来分享使用心得！👇</span></p><span style=\\\"\\\"><span><br/></span></span></div></div></div></div></div></span>\\\n</div></body></html>\\u0000\"]],\"start1\":0,\"start2\":0,\"length1\":0,\"length2\":31637}]"
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